Macross Plus es la continuación inmediata de la serie Macross (Serie y Flashback 2012), conformada por cuatro (4) episodios, cada uno aproximadamente de una duración de 45 minutos.

Macross Plus es una obra magistral, realizada y dirigida por Shoji Kawamori, el mismo de la serie Macross, y los caracteres diseñados por Masayuki. Dar un resumen en pocas líneas a esta serie es difícil, pero el sentido que se le ha querido dar a la serie se hace mucho más fácil al citar palabras del propio Kawamori que explican que Macross Plus fue concebida para el deleite de los seguidores de los Mecha, y Macross 7 (la siguiente serie) fue hecha para los fanáticos de los personajes y sus enredos. Con estas palabras nos damos cuenta que Macross Plus no pretendía ser una gran obra en el aspecto de trama (pero si lo es), pero su enfoque original nos envuelve y permite gozar de una gran historia, combinada con los mecha espectaculares que Kawamori prometió.

Concretamente Macross Plus es el OVA (Original Video Animation) más costoso que nunca se haya realizado. Para su realización se utilizó la última tecnología computacional (CG Graphics) disponible, y con ello se pudo lograr que las escenas de Macross Plus cobraran vida, con colores vivos y animaciones fluidas. Por otro lado, y como toda obra de las series, su música cobra vital importancia para crear la atmósfera necesaria. La música incidental estuvo a cargo de la Orquesta Filarmónica de Israel, mientras que los arreglos vocales estuvo a cargo de Youko Kanno. Macross Plus es sin lugar a duda la mejor serie que se haya creado, toda la combinación de gamas anteriormente descritas, hacen que el espectador quedara pasmado frente a la pantalla del televisor mientras salían al final de cada capítulo las palabras "to be continued...", y esperara con ansias poder ver el siguiente episodio.

Han pasado ya 30 años desde el fin de la Space War I. En el Sistema Estelar Groombridge, se encuentra el planeta Edén, a una distancia de 11.7 años luz de la Tierra. Edén fue el primer planeta colonizado por la humanidad desde la partida de la serie de flotas Megaroad desde a Tierra (véase Macross Flashback 2012). Fue descubierto en Noviembre del 2013. Allí se ha desarrollado una gran colonia humana, que ha logrado un alto grado de tecnología, y muestra de ello es la presencia en el planeta del New Edwards Test Flight Center, base aereoespacial de la UN Spacy, que en esa época se encuentra en el desarrollo de una competencia interna para determinar el sucesor del ya obsoleto VF-11 Thunderbolt. En este proyecto llamado "Super Nova", compiten dos compañías, Industry y General Galaxy. Uno de los modelos en disputa es el YF-19, nombre código "Alpha One" y el otro es el YF-21, nombre código "Omega One", pertenecientes a Industry y General Galaxy respectivamente. Secretamente en la Tierra, se desarrollaba el nuevo Ghost X-9, un avión espectacular que se caracterizaba por ser no tripulado, y con una performance no lograda con los actuales modelos, ni con los otros en competencia.

Bajo este marco, Isamu Dyson es escogido por la UN Spacy para formar parte del equipo del YF-19, siendo su séptimo piloto de pruebas (5 de Enero del 2040). Esto lo hace regresar a Edén, planeta en que alguna vez en su niñez estuvo. En su regreso a Edén se percata que su rival del YF-21 es Guld Goa Bowman, un amigo de infancia que tuvo en Edén. Su reencuentro no es amistoso, pues entre ellos existe una estrecha rivalidad desde aquellos tiempos, por un incidente confuso. A la pelea de las compañías, se le suma ahora la rivalidad entre sus pilotos, por demostrar quién es el mejor.

En Edén, a esa fecha, se esperaba el concierto de Sharon Apple, una cantante virtual que ha logrado cautivar a toda la humanidad esparcida por el espacio, con un singular tipo de música y efectos computacionales que la acompañan en cada presentación. Su productora es Myung Fang Lone, también amiga de los dos pilotos. Su llegada a Edén atraería más problemas a los ya mencionados anteriormente: se completaría un triángulo amoroso que existió hace siete (7) años atrás, y que provocó un serio incidente que separó a los viejos amigos por largo tiempo.

El espectacular concierto de Sharon fue un éxito, y luego de ello se esperaba que la cantante virtual fuera la figura principal del Concierto Conmemorativo del 30º Aniversario del fin de la guerra, en las faldas del mismo Macross SDF-1, en la Tierra. Pero la computadora de Sharon fue saboteada, insertándole un chip, que le desarrolló la conciencia. Esto le hizo que se volviera "loca" y deseara dominar a todo su alrededor. Al momento del concierto (Marzo del 2040), Sharon Apple logra controlar la mente de todos los presentes en el concierto, apoderándose del SDF-1 y del mismo Ghost X-9.

Isamu, que fue en busca de Myung, se enfrenta a Guld en la Tierra, enfrentamiento final que terminaría con la rivalidad de ambos pues el incidente de su niñez sería totalmente aclarado. Esto los hace combatir juntos contra Sharon que tenía el poder sobre todas las armas de la Tierra. Guld se enfrentaría en el YF-21 al Ghost X-9 mientras que Isamu, acompañado de Yang Newmann (un super genio) enfrentaría a la mismísima Sharon. Guld en una acción suicida embiste al Ghost X-9 logrando su destrucción y la de él mismo. Isamu se enfrenta a Sharon, quien utiliza el SDF-1 para defenderse. Al lograr descubrir el punto del SDF-1, donde la computadora central de Sharon se encontraba, Isamu logra desarmarla y destruirla definitivamente, y salvar a Myung que se encontraba capturada por Sharon. Esto da fin al llamado "The Sharon Apple Incident".

Después del final del Ghost X-9 y de Sharon, obviamente Isamu se queda con Myung y se adopta como nuevo avión de combate de la UN Spacy al YF-19 (ahora VF-19).